با عنایت به افزایش حضور مردم در این خانه خدا و علی رغم تلاش بانیان اولیه، کمبودهای موجود در زیرساخت های مسجد مانند استحکام ضعیف ساختمان، گنجایش کم شبستانها، نبودن سرویس های بهداشتی مناسب و آشپزخانه، هیات امنای مسجد موسی ابن جعفر (علیه السلام) را بر آن داشت تا با بهره گیری از توان مهندسین مجرب در طراحی معماری اسلامی و اجرای گچبری معرق، سازه و تاسیسات پس از اخذ مجوزهای لازم از مرکز رسیدگی به امور مساجد و سازمان اوقاف و امور خیریه، نسبت به تخریب و نوسازی مسجد اقدام نمایند.
عملیات نوسازی مسجد در مرداد ماه 1384 آغاز و پس از سه سال فعالیت عمرانی در مرداد 87 مصادف با شب نیمه شعبان این خانه خدا در زیر بنایی بالغ بر 2530 متر مربع در هفت طبقه شامل شبستان آقایان، شبستان خواهران، حسینه، آشپزخانه، سرویس های بهداشتی مجهز و مناسب مورد بهره برداری نماز گزاران شریف این مسجد قرار گرفت .
بدون شک خلق این حماسه، در سایه الطاف خداوند متعال، مساعدت خالصانه بانیان معزز، همراهي صمیمانه مردم شریف این منطقه و آقایان حجج اسلام گوهری، عظیمی، مشکوة، طاهری (مسئول وقت امور مساجد منطقه هفت)، حاج آقا هادی اکبری راد و فرزندان ایشان آقایان مهندس حمید اکبری راد، مهندس ماشاءالله اکبری راد و مهندس عبدالله اکبری راد(هیأت مدیره شرکت عقاب افشان) ، شهرداران محترم وقت منطقه هفت آقایان مهندس صادق عابدینی، مهندس ایلخان، مهندس عبدالهی و تلاش زاید الوصف و خالصانه اعضاء هیات امنا، بسیجیان و نمازگزاران مسجد موسی بن جعفر (علیه السلام) حاصل گردیده است.
متخصصین و یاوران فرایند نوسازی مسجد:
1ـ مدیریت فنی پروژه نوسازی: آقای حاج محمد حسین اسدی
2- امور اوقافی و حقوقی : آقایان قائدی ، حاج رحیم رشادی و حاج محمد عظیمی
3- امور مربوط به جذب کمکهای مردمی : آقایان حجة الاسلام گوهری ، حجة الاسلام عظیمی ، مجد آبادی ، سید محمد هاشمی، فرامرز جوزی زاده، اسماعیل حقیقی، حمید گلپایگانی، علی حیدری، ناصر فتاحی، محمود آزادمند، رضا آقازمانی، سید ناصر هاشمی، عباس صباحی، امیر نعیمی، قنبری، حسن جلینی، امیر صوفی، علی خدابخش، بهروز عباسی، سید احمد هاشمی، حسین حق پرست و خانواده معظم شهیدان نور علی، ملکی، مهدوی، علیپور، یعقوبیان فرد، خیر آبادی، قنبری، وظیفه دان، یمینی شریف، بازرگان، مجد آبادی، رضایی، نانکلی، بدیعی، امیرصوفی، آقا زمانی، مفاخری
4- طراحی امور تبلیغاتی پروژه : آقایان حمید ابراهیمی ، حاج محمد زمانی(مرحوم)، ابوالفضل علیان نژاد، محسن خیرآبادی، مهندس امیر شجاع خمیران ، مرحوم مهندس سید شهرام نقوی الحسینی، آقای سید مجتبی حسینی، آقای مهندس ابوالفضل ابوالحسنی، آقای متقیان و خانم اسدی
5-حسابداری پروژه نوسازی : آقای سید محمد نقوی الحسنی
6ـ طراح معماری: آقای مهندس سید محمود معتمدی
7ـ طراحی سازه: آقایان مهندس مجيبيان و مهندس صفايي
8- طراحی معماری اسلامی :آقایان استاد مرتضی مطيفي فر و دکتر روحانی
9- طراحی تا سيسات : آقایان مهندس خمامي، مهندس رسولی از شرکت عمران تهویه و آقای مهندس بیگی
10- طراحی تاسیسات برق: آقایان مهندس كندري و مهندس موميوند
11- مشاور نمای سنگ داخل و خارج مسجد: آقای مهندس آقایی
12- طراحی و اجرای آسانسور : آقای رضا نادر محمد ، آقای عقبایی
13- مشاوره طراحی آسانسور: آقای مهندس حیدری
14- طراحی شبکه دیتا، دوربین های حفاظتي و و ضبط ویدیویی: آقايان رشادي ، اندامي و اعتصامي
15- ساخت منبر ، جامهری و جاقرآنی : آقای حاج سید رضا عبداللهی به صورت افتخاری
16- مشاوره و اجرای سیستم صوتی : شرکت اکو چنگ
17- ساخت پنل صوت چوبی اطاق برق : استاد پرهیزگار
18- اجرای سقف کاذب : اکبر اسماعیل زاده
19- اجرای دریچه های تاسیسات : گروه صنعتی شاهرخی
20- طراحی و اهدا رک صوتی و پیجر : حاج آقا افکار ( شرکت تابا )
21- اجرا و نصب آیفون های تصویری : آقای حمید وظیفه دان
22- تامین رنگ مورد نیاز : آقای مهندس منصور خلیقی
23- تعیین جهت قبله برای ساخت محراب : با نظارت حجة الاسلام گوهری توسط سازمان جغرافیایی وزارت دفاع و همکاری مرحوم حاج آقا شفیعیان
24- مشاور طراحی داخلی: دكتر روحاني ، آقایان مهندس توحیدی و مرحوم مهندس مرادی و استاد معمار حاج عبدالله فتاحی
25- مشاوره طراحی تاسیسات برق : آقای مهندس حریری
26- طراحی تاسیسات گاز: آقای مهندس احسانی
27-کاشی کاری: استاد فولادی از اصفهان و آقاي شعباني از كاشان
28- آجر نما : آقای استاد جواد غلامی
29- خطاطی کتیبه های گنبد استاد ترابی و خطاطی کتیبه های حسینیه آقایان استاد محمد مستوفی و استاد حسین مستوفی، کنترل صحت ترسیم خطوط قرآنی آقای مرتضی چراغعلی
30- اجرای تاسیسات برق : آقایان فرشچی، فرزین و قدیمی
31- اجرای کانال های تهویه: آقای الهی خواه
32- اجرای تاسیسات سرد و گرم و موتورخانه: آقای حاج علی درفکی و آقای موسی درفکی
33- اجرای سفت کاری و بنایی: آقای استاد حسین علیزاده، آقای استاد حشمت امیدی، مرحوم استاد محمد یوسفی، استاد محمود درفکی، استاد احمدلو و معمار اقبالی
34- اجرای آهنگری: آقایان استاد عباس و استاد جعفر طاهريان
35- اجرای گنبد و سازه معماری اسلامی: آقای استاد جمشید طوسی
36- اجرای آرماتور و سقف کامپوزیت: استاد علیزاده
37 ـ اجرای سنگ نما: آقای استاد عباس پاورجا
38- اجرای اسکلت فلزی: آقای استاد نوريك ، آقای استاد عبد الوند و آقای مرتضی عبدالوند
39- امور تدارکات و پشتیبانی: آقایان محمد عزیز آبادی و محمد علی کریمی
40- اجرای ابزار سنگ های تزئینی شبستان : استاد احمدیان ـ و آقای دنیادیده
41- اجرای تاسیسات آشپزخانه: شرکت داتا و شرکت ايران تک به مدیریت حاج آقای شجاعی و آقای مهندس طاهباز
42ـ اجرای درب معرق شبستان: استاد قضاوی
43ـ اجرای درب های چوبی : آقای حیدری
44ـ اجرای رابيتس کاری و کاسه های معرق : آقای سعید زمانی
45ـ مشاور کاشی کاری اسلامی : استاد حاج مهدی رستگاری، استاد حاج حسن گیلکیان از آستان مقدس حضرت معصومه (س) ، آقاي مهندس دي شيدي از آستان مقدس حضرت علي ابن موسي الرضا (علیه السلام)
46ـ نصب داربست های فلزی بصورت افتخاری : آقای نودهي
47ـ اجرای ایزوگام و عایق کاری: حاج آقا نیری
سپاس از حاج آقا مصلایی برا ی تامین آهن اسکلت فلزی، شرکت بتن پاسداران برای تامین بتن مورد نیاز فونداسیون، چاه های سازه نگهبان و سقف ها، آقای محبی، مدیریت کالای برق علی برای تامین وسایل برقی و کابل های مورد نیاز، آقای برخورداری و آقای خنجری، برای تامین مصالح، آقای چمنی برای تامین میلگرد و آهن سبک ، آقای حاجی نجاری برای تامین اقلام تاسیسات سرد و گرم موتور خانه و فاضلاب